La Visión del programa científico del eco-sistema de Laguna San Ignacio es la de apoyar el mantenimiento de un área marina protegida que soporte operaciones sostenibles, de bajo impacto hacia el ambiente, como el eco-turismo y la pesca, para el beneficio económico y social de las comunidades locales, México y las especies de vida silvestre que dependen de este eco-sistema costero único. Alcanzar esta visión y desarrollar el mejor manejo posible, requieren de bases y conocimientos científicos.

         Es la Misión y Meta final del programa científico del eco-sistema de Laguna San Ignacio, el desarrollar e implementar un programa científico sostenible a lo largo de múltiples años, que proveería información del estado y las tendencias del Complejo de Humedales de Laguna San Ignacio (LSIWC), para beneficio de su manejo, administración y desarrollo. Proyectos de investigación y monitoreo en la laguna, generarán información para atacar cuestionamientos en escalas apropiadas y reconociendo los mecanismos naturales y antropogénicos que afectan el eco-sistema. Estos datos científicos son fundamentales para evaluar las opciones y alternativas de desarrollo y conservación, así como para medir los resultados del manejo implementado y determinar si los objetivos planteados fueron alcanzados.

         La Estrategia a seguir en el programa científico del eco-sistema de Laguna San Ignacio es la de empezar con estudios piloto, basados en resultados de investigaciones y proyectos existentes (p.e., monitoreo de ballena gris) y luego expandir dichos proyectos para incorporar otros componentes biológicos y físicos del sistema (p.e., tortugas, pesca, observacion de ballenas, calidad del agua y productividad, etc.). El programa proveerá empleos académicos y entrenamiento para estudiantes de post-grado, interesados en carreras relacionadas a la conservación del medio ambiente. También establecerá un foro para que pescadores, empresarios y residentes locales contribuyan sus observaciones e informaciones a la base de datos de la laguna y de la región circundante. Los hallazgos de la investigación estarán disponibles mediante reportes publicados, talleres, simposios y en la página web del programa.